Rohelise kooli programmis osalemise üheks oluliseks verstapostiks on rahvusvaheliselt tuntud ja tunnustatud keskkonnamärgise “Roheline lipp” taotlemine. See antakse välja haridusasutustele, kes on järginud programmi 7-sammulist strateegiat, sh viinud läbi keskkonnaülevaatuse, koostanud tegevuskava ja viinud selle ellu ning pannud paika oma keskkonnapõhimõtted. Seatud põhimõtteid järgitakse nii õppetöös, maja haldamisel kui ka kogu asutuse tegevuse korraldamisel, lisaks lastele ja õpetajatele on keskkonnategevustesse kaasatud kõik haridusasutuse töötajad ja lapsevanemad.